.

Den 20 april 1999 kom Dylan och Eric till skolan kort efter klockan 11, och ställde sig på parkeringen, varifrån de hade bra uppsikt över skolans ingång till matsalen. De var klädda i militärkläder och hade planerat dådet länge, de täckte över sina vapenremmar och bomberna de bar på med långa svarta trenchcoats. Gevären var avsågade så att de kunde gömma dem under rockarna. Tidigare på morgonen hade de bowlat med klassen och elever hade hört hur de båda ropade "Sieg Heil" då de fick ner käglor. De gick in i matsalen som hade börjat fyllas med elever på lunchrast, så ingen lade märke till att de ställde två väskor med tidsinställda propanbomber i mitten av rummet. Dessa bomber var defekta, men om de hade exploderat hade möjligen biblioteket på våningen ovanför rasat ned och dödat eller skadat ca 500 av de elever och lärare som vistades där. Bombplaceringen missades av övervakningskamerorna på grund av byte av kassetter.

Då bomberna inte exploderade som planerat gick de båda ynglingarna istället till attack med rörbomber och molotovcocktails, knivar, flera gevär och en halvautomatisk Intratec TEC-DC9. De börjar med att kasta en rörbomb på parkeringen och skjuta flera elever som äter lunch och i matsalen börjar folk titta ut genom fönstren, men de flesta tror bara att det är en filminspelning eller ett skämt med sistaårseleverna, eftersom skolan snart skall sluta för läsåret. Pojkarna fortsatte sedan in i skolbyggnaden och Eric öppnade eld mot en polisman på skolgården. Denne besvarade elden och trodde för ett ögonblick att han har träffat Eric, vilket visar sig vara fel. Stor panik och kaos utbröt inne i matsalen när de cirka 500 eleverna försökte fly, medan pojkarna skjuter alla de hinner, innan de fortsätter längre in i byggnaden.

Kl 11.20 nådde Eric och Dylan biblioteket, där ett femtiotal elever och lärare gömde sig under bord och stolar. En av dessa ringde till polisen från en telefon i biblioteket och lade sedan inte på luren, vilket innebär att händelseförloppet i biblioteket finns inspelat. Pojkarna sköt under en tjugominutersperiod ytterligare ett stort antal elever samtidigt som de stövlade runt i rummet och skrattade och hotade eller hånade flera utav eleverna. De sköt även ut genom fönstren ned mot poliserna utanför, ingen skadades dock av detta.

Eric och Dylan återvände till matsalen klockan 11:44 efter att ha orsakat en mindre brand på andra våningen och lyckas i ett försök att detonera en utav de defekta propanbomberna orsaka en stor eldsvåda som dock släcks av sprinkler-systemet. De återvände då till biblioteket vid 12:02 och öppnade återigen eld mot polisen och de elever och lärare som evakuerats, och polisen besvarade elden. Ingen träffades, varken civila, poliser eller gärningsmännen. Omkring kl. 12.10 hörde en anställd Harris och Klebold unisont räkna "One! Two! Three!", varefter hördes skott, och man kunde sedan konstatera att Harris skjutits sig i munnen med ett avsågat hagelgevär, medan Klebold skjutits i vänster tinning med en TEC-DC9. Snart började alternativa teorier om självmordet florera. Enligt vissa uppgifter sköt Harris först ihjäl Klebold, innan han själv begick självmord.[2] Anledningen till teorin var att Klebold hade ett skotthål i vänster tinning. Klebolds föräldrar har dock bekräftat att deras son var vänsterhänt, vilket då resulterar i att han skulle ha skjutit sig själv i vänster tinning.